El 16 de agosto de 1685 el gobernador de Tucumán, Fernando Mate de Luna ordenó el traslado de la ciudad de San Miguel de Tucumán, desde el antiguo sitio de Ibatín hasta el actual emplazamiento. Este traslado iba a concluir el 29 de setiembre de ese año.
El gobernador Fernando Mate de Luna comenzó el traslado de la ciudad desde Ibatín al actual sitio. Esta orden se terminó de ejecutar el 29 de setiembre cuando toda la población se instaló en el sitio que ocupa actualmente.
El traslado de la ciudad comenzó a tratarse en 1678, cuando el gobernador Juan Diez de Andino escribió al rey Carlos II. En la misiva explicaba los problemas que las aguas del río del Tejar causaba en gran parte del «centro urbano», destrozando edificios e inundando las calles. Además, el agua enfermaba a la población de un mal llamado «cotos», que según cuenta el historiador Carlos Paz de la Torre H, en una nota del diario La Gaceta, causaba «hinchazones monstruosas» en las personas.
Sin embargo, a pesar del desborde del río, otras cuestiones para la mudanza de la capital fue la económica ya que los mercaderes sufrían ataques aborígenes cuando viajaban por el camino que pasaba por San Miguel de Tucumán viniendo de los valles y que continuaba hasta Santiago del Estero.
Los comerciantes, entonces, comenzaron a pasar por el llamado «Camino del Perú», que llevaba a los viajero por Esteco, Choromoro y Tapia, sin pasar por San Miguel de Tucumán, con lo cual la ciudad quedaba a trasmano, provocando, según el gobernador, que el comercio cayera.
Las razones detalladas por Diez de Andino fueron aceptadas por el monarca, que el 26 de diciembre de 1680 expidió la Cédula Real que autorizaba el traslado de la ciudad a La Toma, lo que hoy se conoce como el casco histórico de la ciudad.
En 1681, Diez de Andino fue reemplazado por don Fernando de Mendoza y Mate de Luna, un noble de Cádiz. Durante los tres años siguientes, el Cabildo discutió la posibilidad de mudar San Miguel de Tucumán, algo que para algunos era inviable, debido a la falta de dinero para tal empresa, las bondades de Ibatín y la dificultad de trasladar edificios como la Matriz o el convento de San Francisco. Por otro lado, no se contaba con «maestros de arquitectura», había muy escasos esclavos, y los indios eran pocos y dispersos en los feudos.
Todas estas cuestiones llevaron a pensar en una «reparación» de la ciudad y no una mudanza. Pero a pesar de esta idea, en 1864 la capital de la provincia tuvo un año difícil azotada por una plaga de langostas, una larga sequía y la rotura del molino que provocó la escases de la carne. Además, el Cabildo fue abandonado por su deplorable estado por lo que se pasó a sesionar en casas particulares. A todo esto, debe sumarse el constante traslado de personas a La Toma, lugar al cual la ciudad llegaría el siguiente año.
El 4 de julio de 1685, dado el «estado miserable» de San Miguel de Tucumán, se pidió al gobernador que hiciera efectiva la Cédula Real de la mudanza, la cual fue habilitada el 16 de agosto por Mate de Luna, que dispuso el traslado al sitio señalado.
Luego de llevar el «Árbol de la Justicia», donde se ejecutaba a los malhechores, y el Real Estandarte, símbolo de la autoridad del monarca, el 29 se ofició «la misa cantada con sermón y los demás oficios divinos», en homenaje al patrono. La refundación fue al fin llevada a cabo, no por españoles, sino por personas nacidas en Tucumán.
