Sáenz Peña presentó su renuncia el día 22 de enero de 1895, noticia que fue recibida con alivio por la opinión pública debido al clima de tensión que había en el país.
Fue ungido como un presidente de transición, tras un acuerdo entre el roquismo y el mitrismo que impidió la participación electoral de la flamante U.C.R. Inició su mandato convencido de que su misión era terminar de salir del Pánico de 1890. Decidió no contraer nuevas deudas, y renegoció las existentes en Londres en forma personal: la situación financiera obligó a los banqueros a aceptar las condiciones impuestas por el Ministro de Hacienda, Juan José Romero, que consiguió algunas quitas en el capital y un plazo algo más largo.
Para mediados de 1893, la crisis podía considerarse terminada. Durante su mandato, el Ministerio de Obras Públicas logró expandir la red ferroviaria, al punto de todas las capitales de provincia —excepto La Rioja— quedaron vinculadas por los rieles. Las ciudades de Buenos Aires, Rosario y Santa Fe terminaron sus puertos, y la capital abrió la Avenida de Mayo,4 que durante más de medio siglo sería la vidriera de la gran ciudad. En 1893 el Congreso aprobó la creación de la Lotería Nacional de Beneficencia, hoy Lotería Nacional.
En 1894 se sancionó la Ley 1.894, que cedía grandes porciones del Territorio Nacional del Chaco a las provincias vecinas, beneficiando especialmente a la Provincia de Santa Fe.
En 1895, la situación política se volvía cada día más inestable, ante la evidente incapacidad del presidente; Sáenz Peña cambió varias veces todo su gabinete de ministros, buscando infructuosamente evitar las críticas periodísticas.
La situación se propagó a las provincias interiores, en donde en varias oportunidades los gobiernos fueron derrocados, con lo que la inestabilidad se acrecentó. Sáenz Peña, cada vez más desorientado, probó todas las alianzas posibles, y finalmente nombró Ministro del Guerra y Marina a Aristóbulo del Valle. Desarmados los gobiernos de provincia, los revolucionarios lograron derrocar a varios de ellos, incluidos los de Buenos Aires y Santa Fe.
En el interior, el gobierno triunfaba en todos lados gracias a un escandaloso fraude y la violencia sobre los radicales. Vencidos en las urnas, y sin perspectiva alguna de triunfar en elecciones amañadas por Roca y su círculo, los radicales se encerraron en una abstención electoral absoluta.Pero Sáenz Peña ya no controlaba ni a sus ministros, que gobernaban de acuerdo con las indicaciones de Roca y Pellegrini. A mediados de enero de 1895, presentaron sus renuncias en masa.
Sáenz Peña presentó su renuncia el día 22 de enero de 1895, la que fue recibida con alivio por la opinión pública.
