Hijo de una distinguida familia malagueña, nació en Torre de la Mar el 13 de julio de 1790.
Siendo joven le sorprendió la invasión de los franceses a España y se alistó en el ejército de su país para defenderlo de Napoleón. Así se alistó en el ejército hasta que finalmente el rey pudo volver al trono. Pero desilusionado de las medidas retrogradas de Fernando VII, pidió la baja de los ejércitos españoles y se dirigió hacia América.
Llego a Buenos Aires y se trasladó a Mendoza donde se alistó con el General San Martín. Participó en las batallas de Chacabuco y Maipú que le dieron la libertad a Chile, país que por sus servicios le otorgó la medalla de plata.
Regresó a San Juan, donde se afincó como sargento mayor. Allí cooperó con la primera constitución de esa provincia. Fue ascendido a comandante y también actuó como juez, hasta que las batallas civiles comenzaron a recorrer el territorio nacional.
En San Juan Facundo Quiroga tomó las riendas del poder y nombró gobernador a José María de Echegaray que alistó un ejército para pelear contra José María Paz, pero una división se sublevó y tomó el poder en esa provincia. Vega fue Vega fue nombrado general y jefe de la división San Juan. El coronel José Félix Aldao y su hermano el teniente coronel Francisco Aldao se trasladaron hacia San Juan desde Mendoza con todas las fuerzas disponibles el 14 de junio de 1829. El general Vega, que había decidido retirarse con la división unitaria a Jáchal, se vio obligado a dar batalla en Niquivil. En esa batalla a sus órdenes peleó Domingo Faustino Sarmiento.
En 1830, Nicolás Vega volvió al poder como gobernador de San Juan. El general federalista José Benito Villafañe firmó un armisticio con el general unitario José María Paz el 5 de marzo de 1830. Mientras algunas de las tropas de Villafañe aceptaron el pacto, otras bajo el mando de Nazario Benavídez se separaron y marcharon hacia San Juan, donde Benavídez se unió a una revuelta fallida contra Vega. Posteriormente, el general Vega regresó a Chile donde operó la mina La Colorada en Copiapó , y pudo ayudar a Sarmiento con un trabajo como capataz durante su período de exilio.
A fines de diciembre de 1868, el general Nicolás Vega solicitó ser incluido entre los «Guerreros de la Independencia».
Murió el 4 de diciembre de 1879
