José de San Martín asumió oficialmente el mando político y militar del régimen de los departamentos libres y el cargo de Protector del Perú por decreto el 3 de agosto de 1821.
José de San Martín asumió oficialmente el mando político y militar del régimen de los departamentos libres y el cargo de Protector del Perú por decreto el 3 de agosto de 1821.
Cuando José de San Martín asumió el cargo de Protector del Perú, el pueblo peruano estaba dividido administrativa y militarmente en dos Estados: Lima, el norte y oriente que estaban bajo la administración del protectorado; y Cuzco junto al sur que estaban bajo la administración del virreinato.
Formó su ministerio con los ministros Hipólito Unanue, de Hacienda, Juan García del Río, de Relaciones Exteriores y Bernardo de Monteagudo, de Guerra y Marina. En octubre dictó un Estatuto Provisorio de Gobierno, en el cual se establecía la división territorial, la libertad de vientres, y la libertad de los indígenas de los tributos específicos.
Ese año fundó la Biblioteca Nacional del Perú, a la que donó su colección de libros, y creó la Orden del Sol, hoy llamada Orden El Sol del Perú.
Fundó la Sociedad Patriótica, formada por 40 ciudadanos peruanos, a quienes consideró los más ilustrados entre los decididos por la causa independentista. Esta se enfrascó en discusiones sobre la forma más conveniente de gobernar, entre la monarquía constitucional que apoyaba San Martín y defendían los ministros Unanue y Monteagudo, y la república, que defendían Manuel Pérez de Tudela y Mariano José de Arce. En apoyo a sus ideas monárquicas, envió a García del Río y James Paroissien a Europa, a conseguir un príncipe de la Casa de Sajonia-Coburgo y Gotha, para que reinara en el Perú. También debieron contratar un empréstito para continuar la campaña militar.
Estableció la libertad de comercio y la libertad de imprenta, pero no permitió otro culto religioso que el católico. Expulsó a miles de españoles contrarios a la independencia y confiscó sus bienes.
Desde Ancón, y luego desde Lima, San Martín envió una serie de campañas para incorporar al Protectorado al resto del Perú, pero algunos triunfos parciales no pudieron evitar que el virrey La Serna se hiciera fuerte en la sierra y fijara su capital en Cuzco; el Protector no tenía fuerzas para enfrentarlo con probabilidades ciertas de triunfar.
Entre el 26 y 27 de julio de 1822, se realizó la Entrevista de Guayaquil, donde se reunió con Bolívar, con el objetivo de aclarar el futuro de Guayaquil, la discusión de una posible Federación de las Américas, y el tema más importante, aclarar el futuro del Perú; San Martín llegó a plantear a Bolívar su proyecto de una Monarquía Peruana, sin embargo Bolívar se opuso rotundamente. Tras esta conversación privada, cuyo contenido solo se puede conjeturar, cedió a Bolívar la iniciativa y conclusión de la campaña libertadora.
A su regreso al Perú, se enteró de que su protectorado había sido disuelto, por un congreso constituyente que proclamó la República Peruana en 1822; poco después decidió retirarse de todos los cargos y volver a su país.
Su gobierno duró desde el 3 de agosto de 1821 hasta el 20 de septiembre de 1822.
Regresó a Argentina con solo ciento veinte onzas de oro, el estandarte de Francisco Pizarro bordado por Juana I de Castilla y la campanilla con que la Inquisición de Lima convocaba a los tribunales.
