Luego del Combate de San Lorenzo, San Martín regresó victorioso a Buenos Aires. Hacia fines de 1813, fue enviado al norte y vivió varios meses en Tucumán, hasta que le indicaron que su próximo destino era Mendoza. En esa provincia armó el ejercito, para cruzar Los Andes, en una travesía admirable.
Los primeros meses de 1813, fueron de mucha expectativa. Las victorias de San Martín en San Lorenzo y de Belgrano en Salta, más el comienzo de la Asamblea del año XIII, que tenía a sus espaldas una misión importante, llenaban de entusiasmo a los revolucionarios.
Mientras crecía la figura de Alvear, en los últimos meses de ese año, todo comenzó a oscurecerse. Las derrotas de Belgrano en Vilcapugio y Ayohuma, dejaron al ejercito del norte en un estado calamitoso, lo que hacía totalmente endeble a la frontera, que tanto poder había ganado después de las victorias de Tucumán y Salta. Los españoles estaban en condiciones de avanzar y para ellos se tomó la decisión de enviar a San Martin a la reorganización de ese ejército. En el orden político también le daba a Alvear la posibilidad de sacar de Buenos Aires a San Martín y poder avanzar en los planes de concentración del poder que tanto ansiaba, algo que finalmente lo iba a cumplir con la creación del cargo de Director Supremo, que iba a poner en manos de su tío, Gervasio Posada.
San Martin y Belgrano se encontrarían en el norte finalmente en Enero de 1814 y el jefe de los granaderos pasaría varios meses en Tucumán organizando el ejército. En esta provincia creó la Ciudadela, una fortaleza militar donde no solo buscaba adiestrar a la tropa, sino también instruirla en la educación, pues consideraba necesario que un oficial del ejército sea una persona culta, tal como él mismo lo era. Desde Buenos Aires el Director Supremo Posadas le reclamaba la detención de Belgrano, algo que San Martín le negó de manera tajante. Así partió Belgrano a Buenos Aires mientras San Martín tomaba al decisión de dejar en manos de Martín Miguel de Güemes la defensa de la frontera norte.
La salud no lo ayudó, y en abril se dirigió a Córdoba para tratar de recuperarse, mientras hasta el propio Director Supremo Posadas lo daba por muerto y hacía correr ese rumor por Buenos Aires. Este hecho tenía una significación política. Rondeau luchaba contra los realistas en Montevideo y prácticamente los había derrotado, cuando lo mandaron a hacerse cargo del ejército del norte. Alvear se marchó a Montevideo y se hizo cargo de la gloria final, lo que le daría todo el honor para ser el próximo Director Supremo.
Mientras tanto en Córdoba, San Martin se reponía de su salud y pedía a Posadas que lo envíe a Mendoza, a donde llegó en los primeros días de setiembre de 1814. Un año antes el triunvirato había creado la gobernación de Cuyo, que antes pertenecía a la provincia de Córdoba. La afluencia de Mendoza con Santiago de Chile, había sido muy común por la cercanía y los contactos históricos de ambas ciudades. Mendoza se encuentra de Chile a unos 400 km de Santiago de Chile, mientras que Buenos Aires está a más de 1000 km de distancia.
Todo lo que pasaba de un lado de la cordillera replicaba inexorablemente en el otro lado y hacia octubre de 1814, los realistas habían recuperado el territorio chileno después de la batalla de Rancagua. El gobierno de Santiago había caído y eso era carta abierta para que los invasores avancen a Cuyo.
Cerca de 2000 chilenos cruzaron la cordillera escapando de la brutal represión del realista Manuel Osorio. A esto había que agregarle la disidencia que había entre los líderes chilenos Manuel Carrera y Bernardo O’Higgins. San Martín tomó partida por este último, mientras que en Buenos Aires. Alvear, ya enfrentado con San Martín, se acercó a Carreras.
La economía cuyana hasta 1814, no se abastecía de Buenos Aires, sino de Chile, pero al caer en manos realista, la situación era preocupante. San Martín decidió dejar de enviar a Buenos Aires los dineros que se mandaban como impuestos de los productos elaborados en Mendoza, más el diezmo eclesiástico que se mandaba al Arzobispado de Córdoba. Con estos dineros logró recomponer las cuentas más un impuesto extraordinario de guerra a los más ricos de la ciudad. San Martin durante su gobierno en cuyo expropió propiedades de españoles prófugos o sus bienes sin testar. Grabo con un peso cada barril de vino y aguardiente que se vendieran fuera del territorio. Estableció una fábrica de pólvora y un taller de confección de uniformes de los soldados. Impulso la venta de tierras públicas que no eran explotadas para la agricultura. Fomentó la salud y la educación para todos. Reglamento el sistema carcelario. Prohibió el castigo a los niños en las escuelas. Estas y muchas otras acciones le valieron nuevos amigos y no pocos enemigos entre los más adinerados.
En enero de 1815, Alvear se convertía en nuevo Director Supremo que intentó organizar los ejércitos. El mismo iba a ser el jefe, lo que implicaba que San Martín debía actuar bajo sus órdenes. Así envió a Cuyo a Gregorio Perdriel a reemplazar a San Martín. Cuando este sustito llegó a Mendoza una revuelta popular le impidió asumir el cargo, por lo que Alvear no tuvo más remedio que ratificar a San Martín.
Alvear intentó marchar hacia las fuerzas del litoral, pero el mismo ejército se sublevó y precipitó su renuncia los primeros días de abril de 1815. Alvear se refugió en Brasil, y despechado por su fracaso dio cuenta de toda la dotación militar de los revolucionarios, tanto en Cuyo como en la Banda Oriental.
El Directorio estaba en manos de Rondeau que había partido a una nueva misión con el ejército del norte y dejaba en manos interinas el poder a Álvarez Thomas. Caído Alvear cayó también la asamblea sin dictar una constitución ni declarar la Independencia. Asi el gobierno provisional llamó a un Congreso en Tucumán, para completar la acción que había quedado inconclusa.
En la Banda Oriental Artigas declaraba a Independencia de Los pueblos libres, sin el acompañamiento del gobierno central de Buenos Aires.
En los ejércitos del norte, una vez más esta vez al mando de Rondeau, se obtenían éxitos momentáneos que después se convertiría en revés furibundos. Así se reforzaba la teoría de San Martín de la imposibilidad de conquistar el Alto Perú, teniendo a Lima tan cerca.
Cuando en marzo de 1816 comenzó a funcionar el Congreso de Tucumán la situación no podía ser más complicada. Todas las revoluciones americanas desde México para abajo, habían caído nuevamente en manos realistas. Fernando VII estaba en el trono nuevamente implantando el absolutismo monárquico. La frontera norte era sostenida por Martín Miguel de Güemes, mientras que las divisiones internas habían separado a medio país, con Artigas al frente de la Banda Oriental, resistiendo como podía las invasiones de los portugueses a esa zona. A todo esto, los realistas desde Chile eran una amenaza permanente. Tomas Godoy Cruz fue el hombre de San Martín en el Congreso de Tucumán y por su intermedio instaba a declarar urgente la Independencia para comenzar a luchar en nombre de un país soberano. Pero es buenos recordar que por Cuyo habían llegado como diputados Narciso Laprida. Fray Justo Santa María de Oro y Juan Martín de Puerreydón. Este último fue justamente a quien el congreso lo nombró Director Supremo y desde ese lugar finalmente apoyó el cruce de los andes.
Fue así que en medio de toda una tormenta política interna en Tucumán, se Declaraba la independencia y cinco días después, el 14 de julio, San Martín se reunía en Córdoba con el Director Supremo Pueyrredón, para delinear la campaña de los andes.
San Martin regresó exultante a Mendoza. A la noticia de la Independencia de la independencia se le sumó otra que interiormente le cambió la vida: el 24 de agosto de 1816 fue padre de Mercedes Tomasa.
Desde entonces y hasta enero del próximo año, toda la dedicación de San Martín fue a preparar el ejército que llevaba la misión de liberar a Chile de la opresión española.
