El 22 de enero de 2006 Morales recibió la transferencia de mando y tomó posesión del cargo de Presidente Constitucional de la República.
Morales, en su segundo intento, alcanzó el sillón presidencial en las anticipadas elecciones presidenciales de diciembre de 2005, en las que resultó ganador al obtener el 53,74 % de los votos, frente al 28,59 % de su principal opositor, Jorge Quiroga. Fue también el cuarto mandatario en la historia de Bolivia en ser elegido por mayoría absoluta. El vicepresidente de la fórmula fue Álvaro García Linera.
En sus primeros discursos declaró la necesidad de la estatalización de los hidrocarburos, cuya propiedad en boca de pozo se encontraba en poder de empresas petroleras transnacionales, a través de concesiones que catalogó como nulas de pleno derecho.
El 21 de enero de 2006 Morales asistió a una ceremonia religiosa en las antiguas ruinas de Tiahuanaco, donde fue coronado Apu Mallku o «líder supremo» por varios pueblos indígenas de Los Andes, y recibió regalos de representantes de nacionalidades indígenas de América Latina y del mundo. Ésta fue la primera vez desde la coronación de Túpac Amaru en que se otorgó este título.
