José Francisco de San Martín hizo toda su educación en España. Junto a sus hermanos fue un colegio de Madrid y luego a la edad de 11 años ingresó al ejército español, incluso antes de cumplir la edad permitida. Su padre, militar de carrera, fue uno de los que influyó en esa posibilidad. José Francisco serviría a los ejércitos realistas hasta los 34 años
José de San Martín comenzó sus estudios en el Real Seminario de Nobles de Madrid, un lugar de formación para los hijos de los nobles y los militares. El 21 de julio de 1789, a los once años de edad, José de San Martín comenzó su carrera militar como cadete en el Regimiento Murcia. Su trayectoria militar se inició en los combates contra los moros en Melilla y Orán.
Luego luchó contra los franceses en los Pirineos y contra los portugueses en la Guerra de las Naranjas de 1802 y en una misión de reclutamiento fue herido gravemente por unos maleantes que intentaron quitarle una maleta con tres mil reales.
También estuvo en la fragata Santa Dorotea, que formó escuadra en el Mediterráneo contra los corsarios berberiscos. Durante este periodo naval conoció en Tolón a Napoleón, al ser enviado en representación de «La Dorotea». El hecho de que el emperador le saludara influyó en la admiración que San Martín profesó siempre al corso como genio de la guerra.
En 1804, su ascenso a Capitán Segundo con 27 años, le obligó a cambiar de unidad. En el batallón de «Voluntarios de Campo Mayor», que se encontraba en Cádiz, conoció al general Francisco María Solano Ortiz de Rosas, Marqués del Socorro, de origen venezolano. Como ambos eran americanos, Solano, hombre de ideas liberales, acogió con afecto y simpatía a su joven compatriota al que ayudó y aconsejó desde la experiencia.
Tanto Solano como San Martín compartían una visión pesimista sobre el futuro de España y su gobierno en los territorios americanos.
En medio de la invasión napoleónica, Solano murió durante un levantamiento popular contra la sede del Gobierno al ser acusado de connivencia con los franceses. Este hecho a San Martín casi le cuesta también la vida.
Los desastres que trajo la invasión francesa habrían de desviar la carrera militar de San Martín. La Junta Central, establecida contra el gobierno napoleónico, lo ascendió al cargo de Capitán primero en el regimiento del general Castaños. En esta unidad participó en la batalla de Bailén, en 1808 en lo que fue la primera derrota importante de las tropas de Napoleón que se tradujo para San Martín en un ascenso a teniente coronel de caballería el 11 de agosto de 1808.
En mayo de 1811, participó en la batalla de La Albuera, en Badajoz, donde las tropas españolas, inglesas y portuguesas enfrentaron a los franceses. Aquí hay una curiosidad poco conocida. San Martín peleó en un ejército comandado por el británico William Carr Beresford, el mismo que había invadido Buenos Aires en 1806. Esta batalla para San Martín fue la brocha de oro a una trayectoria de dos décadas al servicio del Ejército español. Precisamente el carácter multinacional de las fuerzas antinapoleónicas le puso en contacto con los círculos liberales y revolucionarios británicos que tanto contribuirían a la independencia americana. Su larga estancia en Cádiz afianzó durante años esa mentalidad liberal.
