El 26 de septiembre de 1820, la Junta de Representantes eligió al general Martín Rodríguez gobernador de Buenos Aires. Si bien puso fin a la Anarquía del Año XX, cada provincia se gobernó a si misma, lo que benefició a Buenos Aires por ser la más rica
El 26 de septiembre de 1820, la Junta de Representantes eligió al general Martín Rodríguez gobernador de Buenos Aires. Al asumir, puso fin a una convulsionada etapa conocida como la “anarquía del año XX”, que había comenzado en febrero de ese año, cuando los caudillos federales de Santa Fe, Estanislao López, y de Entre Ríos, Francisco Ramírez, derrocaron al Directorio. A partir de entonces, cada provincia se gobernó por su cuenta. La principal beneficiada por la situación fue Buenos Aires, la provincia más rica, que retuvo para sí las rentas de la Aduana y los negocios del puerto. Pronto Martín Rodríguez nombró ministros a Bernardino Rivadavia y a Manuel García, pero la guerra civil se extendió durante décadas.
Durante su mandato se suprimieron los cabildos y para lograr la pacificación interna se votó la Ley del Olvido, que permitió regresar a los desterrados y se inició un clima de distensión política, además propuso la reforma militar propuso una reducción drástica para aliviar las cuentas de la provincia. Además formó la Junta de Representantes, compuesta por diputados elegidos por el pueblo.
El estado provincial impulsó una expansión del sistema educativo en todos los niveles, sobre la base de los modelos europeos, intentando reemplazar a la Iglesia en la responsabilidad de educar. En 1821 el gobernador Martín Rodríguez y su ministro Rivadavia dispusieron la creación de la Universidad de Buenos Aires, su legado más importante en materia educativa. El primer rector fue el sacerdote doctor Antonio Sáenz.
El 7 de marzo de 1820, siendo Martín Rodríguez comandante general de la campaña de Buenos Aires, firmó un tratado de paz con los «indios amigos» representados por el estanciero Francisco Hermógenes Ramos Mejía denominado Tratado de Miraflores.
Poco duró la paz acordada porque a fines de 1820 comenzó una violenta reacción de los pueblos indígenas en la frontera. Ocupó durante cuatro años el cargo hasta el 2 de abril de 1824, cuando entregó el poder a Juan Gregorio de Las Heras
