Las Guerras Calchaquíes se llamaron a los enfrentamientos de los pueblos del norte contra los españoles en la resistencia de la nueva colonización. En estos enfrentamientos que duraron más de un siglo, murieron miles de personas desapareciendo pueblos enteros, y también terminando con toda una civilización, una cultura y un idioma. El último bastión calchaquí cayó el 3 de enero de 1667 en Amaicha del Valle.
Los españoles que llegaron al norte de lo que hoy en Argentina con el fin de conquistar, tuvieron serios problemas en la región del Tucma, que comprende las provincias de Tucumán, Jujuy, Salta, Catamarca y La Rioja. En estos lugares existían tres naciones que tenían rasgos comunes, como era su lengua, “cacán”. Se llamaban la “Confederación Diaguita” y habitaban la pre cordillera norte del país. Esta confederación estaba integrada por las tribus “Calchaquíes”, lideradas por Juan Calchaquí, los “Pulares” y los “Diaguitas”.
La primera Guerra Calchaquí comenzó en 1559 cuando se fundó la ciudad de Córdoba de Calchaquí, donde el gobernador Juan Pérez de Zurita esperaba poder someter a los indígenas a la encomienda. El capitán Julián Cedeño capturó a un curaca llamado Chumbicha, y Zurita lo utilizó para negociar con su hermano, el curaca del pueblo de Tolombón, llamado Calchaquí; este aceptó bautizarse como parte de las negociaciones, adoptando desde entonces el nombre de Juan Calchaquí. Sin embargo, tiempo después, Calchaquí entendió la naturaleza la conquista, por lo que enfrentó a los españoles expulsándolos de las tres ciudades fundadas por Zurita: Córdoba de Calchaquí, Londres en la actual provincia de Catamarca y Cañete. Los españoles se reunieron en la capital del norte, Santiago del Estero, Fue tal la cantidad de muertos que tuvo esta guerra que para algunos es una de las mayores tragedias de la historia de la humanidad.
En 1563, el Rey de España decretó la separación del Tucumán de la Capitanía General de Chile, de la cual hasta entonces había dependido. El primer gobernador tucumano, Francisco de Aguirre, prefirió no atacar los Valles, sino rodearlos de nuevas fundaciones: así refundó Londres cerca de la actual Andalgalá y fundó San Miguel de Tucumán en el sitio conocido como Ibatín y Esteco en el norte.
Reconquistada su independencia, los pueblos de los Valles Calchaquíes dejaron de lado la autoridad de Juan Calchaquí, y esta desunión les impidió conservar el efímero control que habían logrado a algunas localidades fuera de su territorio. El gobernador Gonzalo Abreu de Figueroa lanzó cuatro ataques sobre los Valles, que no lograron someter a los indígenas pero desnudaron la pérdida de poder ofensivo de Calchaquí.
La fundación de la ciudad de Salta en 1582 obligó a los pulares a someterse a la encomienda, mientras que Juan Ramírez de Velasco fundó las ciudades de La Rioja y San Salvador de Jujuy.
El cacique del pueblo de Purmamarca, llamado Viltipoco, reunió un ejército de hasta 10 000 guerreros de la Quebrada de Humahuaca, puso sitio a la ciudad de Jujuy y amenazó la ciudad de Salta. Sin embargo los españoles lograron resistir esa crítica situación hasta que años más tarde capturaron al cacique que murió en Prisión en Santiago del Estero.
La Segunda Guerra Calchaquí comenzó cuando el gobernador Felipe de Albornoz llegó a Santiago del Estero a asumir su cargo y los curacas de los pueblos de indios enviaron sus representaciones a saludarlo, de acuerdo a una tradición que llevaba ya varias décadas. Entre ellos iban 200 indígenas diaguitas de Hualfín, con quienes el gobernador se disgustó y castigó mandándolos azotar y cortar el cabello; este último era el máximo insulto que se le podía hacer a un hombre de esa comunidad, de modo que el curaca de Hualfín, de nombre Chalimín, inició un alzamiento contra los españoles.
La guerra duro siete años y hubo una gran cantidad de muertos entre los indígenas, que además debieron admitir su completo sometimiento. Los Valles Calchaquíes fueron sometidos a una encomienda más nominal que real, y ejercieron como refugio a los indígenas huidos desde el sur.
La Tercera Guerra Calchaquí se extendió por ocho años, entre 1658 y 1667. Esta guerra tuvo la particularidad de que, en sus inicios, actuó un aventurero andaluz, Pedro Bohórquez, quien sostenía ser inca. Bohórquez maniobró con astucia, obtuvo incluso el apoyo de los jesuitas y organizó un sólido ejército indígena de 6.000 guerreros con el que mantuvo el control de la región durante varios años. Sin embargo en 1659 se entregó a los españoles con la intención de ser indultado, quienes lo enviaron a Lima y finalmente lo ejecutaron mediante la horca. La confederación continuó la guerra dirigida por José Henriquez. Al ser vencido el señorío de los Quilmes en 1665, que condujo la tercera guerra. Los españoles dispusieron su completo desarraigo y deportación a los pagos pampeanos, cercanos a Buenos Aires, de sus 11 000 miembros donde finalmente desaparecieron como etnia. La guerra terminó el 3 de enero de 1667 al caer el último bastión diaguita localizado en Amaicha del Valle.
